摩托车购车发票的第二联是由卖家保留的吗？

确实是这样的。摩托车的购车发票是机动车专用发票，在售车后，商家把第一联发票联、第三联报税联和第四联登记注册联交给购车人，车主上牌也只需要这三张，其他的由商家作为存根保存和缴税报税等使用，并不是所有的都交给车主的。

购买摩托车，销售方开具的是机动车销售统一发票，该发票的第二联是抵扣联。如果购买方是一般纳税人，可以抵扣进项税额。如果购买方方是个人，由于不能抵扣进项税额，所以由销货方留存。